Khi du lịch nha khoa tại Việt Nam đang dần cho thấy được tầm ảnh hưởng và sức phát triển mạnh mẽ thì những khó khăn phải đối mặt cũng không hề nhỏ. Để thu hút được khách du lịch nước ngoài đến khám răng tại Việt Nam thì việc xây dựng một nền tảng về thương hiệu chung để nhận được sự tín nhiệm từ khách hàng là thách thức hàng đầu. Việt Nam là một đất nước có trình độ tay nghề bác sĩ cao, máy móc thiết bị trong ngành nha vô cùng hiện đại, chất lượng không hề thua kém so với các nước trên thế giới. Tuy nhiên, việc quảng bá thương hiệu, hình ảnh của ngành vẫn còn nhỏ lẻ rời rạc, chưa có sự liên kết và chưa tạo được tiếng vang mạnh mẽ khiến du lịch nha khoa Việt Nam vẫn còn thua kém so với các nước trong khu vực như Thái Lan, Malaysia, Philippin. Bên cạnh đó, việc kiểm soát chất lượng, tiêu chuẩn chung cũng như việc đào tạo đội ngũ y bác sĩ sử dụng thành thạo ngôn ngữ để phục vụ các khách nước ngoài còn gặp phải nhiều khó khăn.